Poslední místo Balboova odpočinku není známo, částečně proto, že neexistují žádné záznamy o tom, co se stalo ve městě Acla po popravě.
I když na Balbou čekala předčasná smrt, jeho činy a skutky si historie pamatuje. Několik parků a ulic v Panamě nese jméno “Vasco Núňez de Balboa” a několik památníků vzdává čest jeho objevu Jižního moře. Panamská měna se jmenuje balboa a jeho podobiznu je možné zahlédnout na některých mincích.