Rudolf II. si stejně jako Karel IV. vybral Prahu jako své sídelní město, které za jeho vlády dosáhlo nebývalého rozkvětu, stalo se centrem umění, věd a kultury. Díky císařově štědrosti došlo například i k obrovskému rozvoji barokního stavitelství. Po jeho smrti Praha ztratila natrvalo svůj vliv a stala se nevýznamným místem habsburské monarchie.