Smrt Jana Masaryka dodnes budí spoustu otázek. Zde jsou shrnuty přednosti a slabiny jednotlivých hypotéz: 

• Hypotézu podporuje psychický stav zemřelého, u kterého se střídaly nálady radosti a smutku.
• Prý o sebevraždě mluvil před svými komorníky
• Na druhou stranu: je tu absence dopisu na rozloučenou. Byl sice nalezen dopis J.V. Stalinovi, ve kterém Masaryk naznačuje možnost sebevraždy, ale ten historici považují za padělek.  
• Jan Masaryk večer před smrtí přislíbil personálu setkání na druhý den a připravoval si projev – sebevraždu tedy neplánoval
• Oblečení pyžama je pro sebevraždu nezvyklé (navíc oblečené naruby).
• Únik stolice před skokem značí strach. Strach z pádu u sebevrahů je výjimečný, neboť jsou s pádem vyrovnaní, je to jejich cíl.
• Skok čelem oknu, zády napřed, je pro sebevraždu velmi netypický (sebevrah skáče čelem napřed, obrácen pohledem ke svému cíli – hloubce pádu).
• Je sporné, zda by při skoku vzad z římsy mohl Jan Masaryk dopadnout 2,9 m od stěny.
• Přítomnost cizích osob v ložnici Jana Masaryka (se kterou pracuje vyšetřování v letech 1993–1996, doložené např. svědectvím o analýze cigaretových nedopalků) činí dobrovolnost a spontánnost skoku z římsy nepravděpodobnou.

• K variantě vraždy nepřímo směřují: nepořádek v ložnici i v koupelně (rozhozené prostěradlo, rozházené holicí čepele), polštáře na podlaze koupelny, existence přístupových cest do bytu (které byly ve vyšetřování za komunismu zamlčeny).
• Někteří svědci uvádějí, že slyšeli příjezd a odjezd vozidel.
• Přítomnost cizích osob, doložená svědectvím o analýze cigaretových nedopalků (pocházely od 3 lidí, jedny cigarety byly vyrobeny v SSSR).
• Stolice na parapetu okna svědčí pro strach, zcela fyziologický u obětí násilí a vraždy.
• Poloha dopadu čelem k oknu nasvědčuje, že se oběť snažila přidržet stěny (za nehty měl podle svědků omítku), a že nebylo jejím úmyslem spadnout.
• Místo dopadu 2,9 m horizontálně od stěny nasvědčuje pro velikou sílu směrem od stěny, která pravděpodobně vznikla cizí osobou.
• Zkreslené a zaujaté vyšetřování v r. 1948, a od srpna 1968, které variantu vraždy přehlíželo, je samo podezřelé.
• Množství podezřelých úmrtí lidí, kteří o smrti Jana Masaryka něco věděli (svědci i podezřelí)^[11], lze vysvětlit hlazením stop organizovanou násilnou skupinou, nebo nečistým svědomím těchto zemřelých. Obě možnosti poukazují na jiné vysvětlení smrti Jana Masaryka, než byla ta oficiálně prezentovaná (sebevražda v r. 1948, nešťastná náhoda v r. 1969), a nepřímo nasvědčují pro variantu třetí – vraždu.^[9]

Stále nevysvětlené pochybnosti

• Uvádí se velká síla cizí osoby směrem od stěny, aby tělo získalo energii a dopadlo pozadu 2,9 m od budovy. Jak ale mohla vzniknout cizí osobou, když stál Masaryk na římse a před ním byla zeď? Tělo dopadlo 1,2 – 1,6 m vlevo (při pohledu z venku) od okraje okna, nikoliv pod okno.
• Výkaly na parapetu. Uvádí se, že pád byl z římsy, nikoliv z parapetu (stopy omítky za nehty). Nikdo doposud nevysvětlil, jak se dostaly výkaly na parapet. V pitevním protokolu je uvedeno, že výkaly byly rozmazány po řiti. Masaryk se tedy musel na parapet posadit. Při vylézání ven?
• Pitva odhalila v krajině pupku sérii červenohnědých, souběžných, dolů ubíhajících skvrn na ploše 10x6cm. Zřejmě, jak se svezl po římse při pádu. To však odporuje teorii o velké síle směrem od zdi. Ta by způsobila, že by tělo římsu minulo.
• Pokud by působila ona síla z okna šikmo ven, poloha těla by nebyla kolmo k budově, ale šikmo k oknu. A to nebyla. Vzdálenost těla od okraje okna byla 3,2m. Taková síla však způsobí, že živý člověk nepadá kolmo dolů, ale je v záklonu, neboť síla musela působit na horní polovinu těla (nad parapetem). Tělo však dopadlo kolmo na zem (destrukce chodidel).